Unlocking your NGS-Data Skills: NGS Datenanalyse und Workflow-Managementsysteme

Groupes cibles:

keine Angaben

Connaissances spécialisées:

Grundsätzliche Kenntnisse der Molekularbiologie, besonders der Genetik/Genomik; von Molekular-/Sequenziertechnologien (PCR, DNA-Bibliotheken, Illumina-Sequenzierung)

Connaissances techniques:

Computer mit freiem Festplattenspeicherplatz von min. 30 GB; Linux (Ubuntu) oder Mac OSX als Betriebssystem; ein aktueller Browser (Firefox oder Chrome).

Classification de l’Agence pour l’emploi:

keine Angaben

Contenus

Zur Beantwortung von biologischen und medizinischen Fragestellungen wird eine effektive und hochqualitative Datenanalyse von genomischen Informationen (DNA) immer wichtiger. Ermöglicht wird dies durch die neuesten Technologien des Next-Generation Sequencing, weshalb bioinformatische Fähigkeiten im Umgang mit besonders großen Datenmengen immer mehr gefragt sind.

In dieser (berufsbegleitenden) Weiterbildung werden Ihnen die wichtigsten Aspekte der NGS-Datenanalyse vermittelt. Hierbei geht es sowohl um den richtigen Umgang mit großen Datensätzen und Datenformaten als auch um die selbständige Anwendung von Workflow-Managementsystemen. Sie werden eigenständig NGS-Workflows von der Qualitätskontrolle bis zum Variant Call in Galaxy entwickeln und in der Lage sein, diese mit einfachen Bash-Befehlen über die Linux-Kommandozeile in Snakemake zu übertragen.

Hinweis: Diese Weiterbildung wird lediglich in englischer Sprache durchgeführt. Wir beraten Sie gerne über Ihre Teilnahmemöglichkeiten.

Inhalte der Weiterbildung:

1. Analyse von NGS-Daten
Rohsequenz-Format FastQ
Rohsequenz-Qualitätskontrolle (DNA/RNA) mit FastQC
Adapter Clipping und Quality Trimming (z. B. Trimmomatic, Cutadapt)
Read-Mapping mit Bowtie2, BWA-MEM
Mapping-Formate SAM/BAM
Mapping-Statistik (samtools)
Mapping-Qualitätskontrolle (Qualimap)
Duplikat-Entfernung und Filterung von gemappten Reads (samtools, Picard)
Erstellung von Qualitätskontrollberichten mit MultiQC
Variant-Call (bcftools, freebayes, GATK)
Variant-Call-Format VCF
Visualisierung von gemappten Reads und Varianten mit dem Genombrowser IGV (Integrated Genomic Viewer)

2. Einstieg in Kommandozeilen-Tools und Software-Management
Einrichtung und Verwaltung von Softwareumgebungen
Installation und Steuerung von Softwarepaketen mit Conda

3. Vorstellung von Workflow-Management-Systemen
Galaxy (browserbasiert)
Snakemake (skriptbasiert, Kommandozeile, einfache Bash)



Die Weiterbildung wird online(live)durchgeführt.

Bei Fragen beraten wir Sie gerne - sprechen Sie uns einfach an.